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Quando un hard disk presenta dei problemi di perdita di dati o le operazioni di lettura e scrittura sono rallentate occore eseguire un check del disco, i sistemi operativi mettono a disposizione delle utility per controllare l'integrità dei dati ed anche della superficie come scandisk per Windows o chksdk per Linux. Qualora sul disco fossero presenti dei settori difettosi o delle tracce perse, un possibile rimedio è la formattazione del disco a basso livello, questa operazione cancella tutti i dati contenuti sul disco, riportandolo in pratica alle condizioni iniziali. I produttori di hard disk mettono a disposizione delle utility, scaricabili gratuitamente, per eseguire un controllo approfondito del disco e poi corregere gli errori o procedere alla formattazione. Se l'utility di analisi disco riporta degli errori ed il disco è ancora in garanzia, bisogna salvare i risultati su un dischetto, se ciò è possibile, ed avviare le procedure di riparazione/sostituzione, se la garanzia è scaduta bisogna backuppare, se è possibile, tutti i dati e poi procedere alla formattazione.
Alcuni produttori consentono di scaricare il solo file eseguibile dell'utility che andrà salvato su un dischetto formattato ms/dos, con l'opzione di essere avviabile, altri produttori invece mettono a disposizione un programma che crea il dischetto pronto all'uso. Sebbene a volte sia possibile diagnosticare i problemi con le utility fornite da un produttore diverso da quello del proprio hard disk la formattazione è necessario eseguirla con il programma specifico in quanto parametri non corretti porterebbero al danneggiamento irreparabile del disco o a problemi di varia natura come disco lento o perdita di dati. L'operazione di formattazione a basso livello è molto lenta e lascia il disco nelle stesse condizioni in cui si trovava al momento della produzione per cui per utilizzarlo bisognerà ricreare le partizioni e formattarle.
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